Измерение параметров молекулярных структур
Программа предоставляет пользователю возможность определения ряда параметров исследуемых структур.
*Check Tautomeric Forms (Проверить таутомерные формы). (!!!!!) Выбор данного пункта меню позволяет определить возможные таутомерные формы исследуемой молярной структуры, например, адеина.
*3D Structure Opimization (3D оптимизация структуры). Преобразование исследуемой молекулы в трехмерную структуру.
*Auto Renumbering (Автоматическая нумерация). При выборе данного пункта меню программа автомат. пронумеровывают атомы молекулярной структуры.
*Generate Name from Structure (сгенерировать название для структуры). Данная опция автоматически генерирует название исследуемой молекулярной структуры в соответствии с правилами ИЮПАК.
*Clean Structure (упорядочит структуру). При выборе данного пункта меню программа автоматически исправляет все длины связей и углы в молекуле. Calculate (рассчитать). Расчёт определенного набора св-в исследуемого ве-ва. Выбрав пункт All Properties (все св-ва), можно рассчитать все св-ва, представленные в списке, а затем из скопировать в рабочую область.
Создание графических объектов в режиме draw
1.Создание установок для проведения хим. синтеза (с помощью имеющегося в программе лаб. оборудования); 2.Создание любых графических объектов; 3.Детальная прорисовка механизма ре-ции; 4.Создание графиков фу-ций; 5.Измерение длин связей, валентных и торсионных углов; 6.Определение расстояния между отдельными атомами структуры, торсионных углов и углов между связями осущ. в спец. Режиме 3D просмотра программы-3D Viewer, измерение осущ, посредством кнопок следующего блока:
!!!!!-измерение расстояния между атомами; !!!!!-измерение углов между связями; !!!!!-измерение торсионны углов.
Перед выполнением измерений необходимо обязательно оптимизировать пространственную ориентацию молекулярной структуры. Это осущ. посредством нажатия кнопки 3D оптимитизация-!!!!!.
Одномерные формы отображения хим. Ве-ва
Регистрационный номер-применяется для однозначного обозначения хим. ве-ва в большой базе данных (коммерческой и некомм.). Формат не стандартизирован. Для ориентации пользователя-буквенный, идентификатор (PubChem ID6324).
UN number UN ID (United Nations)-цифровой код, кот. прописывается ве-ву или изделию, представляющему опасность на транспорте (UN 1036).
EC number и E number (EC-No, EC# - The European Community number)-цифровой код, который приписывается хим. товару в странах ЕС (EC number 200-814-8 EINECS#). E number-код, который присваивается пищевым добавкам в странах ЕС (E260 (уксусная ки-та), E925 (хлор)). CAS Registry Number (CASRN, CAS RN, CAS Number, CAS#)-это номер, пол которым хим. ве-во (или смесь ве-в) зарегистрировано в Chemical Abstracts Service (CAS) (CARSN: 74-84-0 (этан); 548491-80-1 (ZnFe2O4). Ценность CARSN заключается в том, что регистрационный номер позволяет лаконично и однозначно указать на некое ве-во, кот. может иметь множество названий и состав которого может быть отображен несколькими способами. Можно найти каталог реактивов-Sigma-Aldrich. Брутто-формула должна быть записана по системе Хилла (Hill, 1900). Порядок расположения элементов:
а) Если ве-во содержит: С, Н2, прочие элементы в алфавитном порядке (С7Н7lO - это C6H5-O-CH2Cl); б) Если в ве-ве отсутсвует С: все элементы, в том числе Н2, перечисляются в алфавитном порядке (Ba(OH)2 - это BaH2O2). Линейная нотация (запись)-одномерная форма отображения хим. объекта в виде строки буквенно-цифровых символов. 1) SMILES-отображает хим. структуру в форме одномерной строки символов. Данный код в текстовой строке показывает состав ве-ва и связи между атомами. Отображение ковал. связи: *одинарная - (либо никак); *двойная =; *тройная #. O=C-Cl -> O=C(Cl)-Cl; ClC(Cl)=O; ClC(=O)Cl; C(Cl)(Cl)=O | Cl Цепь указывают в круглых скобках после символа того атома, к которому она присоединяется. Объект Строка SMILES H3O+ [OH3] Fe2+ [Fe+2] Даа атома цикла нумеруются одним и тем же числом и связь между этими атомами разрывают условно: !!!!!!!!! -> С1ССССС1 Хим. символы атомов, образ. аромат. связи, записывают строчёными буквами: !!!!!!!!!! -> ClCOCCl !!!!!!!!! -> (?) 2) InChl-международный текстовый идентификатор хим. объекта; это компьютеризованный вариант системат. названия. InChl-IUPAC Internation Chemical Identifien.