•Определение АК-ой последовательности

на N-конце проводится след. образом. Полипептид обрабатывают специфическим реагентом, реагирующим со свободной аминогруппой:

•– 2,4-динитрофторбензолом (ДНФБ) по методу, предложенному Сэнгером,

•- фенилизоцианатом - по методу Эдмана,

•- 5-диметиламинонафталин-1- сульфонилхлоридом (дансилхлоридом) – дансильный метод.

•Затем полученное производное осторожно гидролизуют так, чтобы отщепить концевую АК в виде производного и идентифицируют ее.

• Метод Сэнгера

N(CH3)2

O

SO2 HN CH C OH

R

дансилпроизводное N-концевой АК

•Дансильный метод наиболее предпочтительный, т.к.

дансилпроизводные -АК обладают

интенсивной флуоресценцией, что позволяет использовать для идентификации высокоэффективную жидкостную хроматографию с флуоресцентным детектированием.

В настоящее время созданы специальные автоматизированные установки для проведения всех перечисленных операций -

автоматические секвенаторы полипептидов. С их помощью удается произвести до 40-60 шагов ступенчатой деградации

•Методы определения последовательности АК-ого состава на С-конце менее совершенны. Для последовательного отщепления

С-концевых АК пользуются

ферментативным гидролизом.

•Под действием ферментов

карбоксипептидаз проводят

избирательный гидролиз, отщепляя ступенчато по одной аминокислоте .

Кроме последовательности АК полипептида (первичной структуры), крайне важна трехмерная структура белка, которая формируется в процессе фолдинга (от англ. folding), «сворачивание»).

Вторичная структура — локальное упорядочивание фрагмента полипептидной цепи, стабилизированное водородными связями и гидрофобными взаимодействиями. Пространственную структуру полипептидной цепи во многом определяет строение пептидной группы.

Атомы С, O, N в пептидной гр.

–CONH лежат в одной плоскости, что соответствует sp2 –гибридизации карбонильного С-атома. Связь между атомами С и N короче (0,132 нм), чем связь С– N с -С-

атомом (0,146 нм), но длиннее, чем обычная С=N (0,127 нм).