Решение:

В соответствии с п.9 ч.1 ст.126 АПК, п.3 ПП ВС РФ от 17.02.2011 №12 Сведения, о прекращении или приобретении статуса ИП должны подтверждаться выпиской из Единого государственного реестра юридических лиц или Единого государственного реестра индивидуальных предпринимателей, предоставляемой регистрирующим органом в электронном виде с применением сертифицированных средств криптографической защиты информации.

Пунктом 1 статьи 4 Закона N 129-ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" установлено, что в Российской Федерации ведутся государственные реестры, содержащие сведения о создании, реорганизации и ликвидации юридических лиц, приобретении физическими лицами статуса индивидуального предпринимателя, прекращении физическими лицами деятельности в качестве индивидуальных предпринимателей, иные сведения о юридических лицах, об индивидуальных предпринимателях и соответствующие документы.

Исходя из пункта 4 статьи 5 Закона N 129-ФЗ записи вносятся в государственные реестры на основании документов, представленных при государственной регистрации. Каждой записи присваивается государственный регистрационный номер, и для каждой записи указывается дата внесения ее в соответствующий государственный реестр. При несоответствии указанных в пунктах 1 и 2 настоящей статьи сведений государственных реестров сведениям, содержащимся в документах, представленных при государственной регистрации, сведения, указанные в пунктах 1 и 2 настоящей статьи, считаются достоверными до внесения в них соответствующих изменений.

В силу пункта 4 статьи 22.1 Закона N 129-ФЗ не допускается государственная регистрация физического лица в качестве индивидуального предпринимателя, если не утратила силу его государственная регистрация в таком качестве.

Согласно пункту 1.2.2.5. Приказа Министерства Российской Федерации по налогам и сборам от 22.07.2004 N САЭ-3-09/436@ "О совершенствовании организации работы по регистрации и учету юридических лиц и физических лиц, зарегистрированных в качестве индивидуальных предпринимателей, в Единых регистрационных центрах и в налоговых органах" если физическому лицу ИНН присвоен ранее, присвоение другого ИНН не производится и при распечатке Свидетельства о постановке на учет физического лица и Уведомления о постановке на учет физического лица используется ранее присвоенный ИНН.

Поскольку ведение государственного реестра индивидуальных предпринимателей возложено на Федеральную налоговую службу и ее территориальные органы, при получении заявления Борисова о регистрации в качестве индивидуального предпринимателя, инспекции следовало выявить факт не утраченной государственной регистрации данного лица в качестве индивидуального предпринимателя и отказать в осуществлении оспариваемых регистрационных действий на основании подпункта "в" пункта 1 статьи 23 Закона N 129-ФЗ.

Соответственно, действия налогового органа по двойной регистрации индивидуального предпринимателя противоречили законодательству, налоговый орган допустил ошибку повторно зарегистрировав заявителя в качестве индивидуального предпринимателя.

Само существование двух ОГРНИП у одного лица недопустимо в силу закона, ошибочная повторная регистрация Борисова в качестве индивидуального предпринимателя не влечёт необходимость повторной подачи данным лицом заявления о прекращения деятельности в качестве индивидуального предпринимателя.

Следовательно, суд апелляционной инстанции должен отменить решение суда первой инстанции и удовлетворить апелляционную жалобу.